與仲裁庭相比，法院認定仲裁協議效力的機會要大得多。因為依據管轄權/管轄權原則，仲裁庭只是在仲裁程序中有權決定當事人提出的仲裁協議有效性異議，而法院則在仲裁程序開始前、仲裁程序中以及裁決作出后都有可能來行使認定權。

首先，在仲裁程序開始之前，如果一方當事人率先就仲裁協議項下的爭議向法院提起訴訟，那么法院可依據法律對此爭議行使管轄權。按照各有關國家民事訴訟法的規定，提起民事訴訟是每個公民的權利，法院依照其所在國的民事訴訟法的規定，受理有關當事人提起的訴訟，無論當事人之間是否存在著仲裁協議。而只有當另一方當事人根據與原告之間事先訂立的仲裁協議抗辯法院的管轄權時，法院才有權就仲裁協議有效與否進行認定，以決定是否將爭議交付仲裁解決。對此，《紐約公約》的第2條第3款就有規定，“當事人就訴訟事項訂有本條所稱之協定者，締約國法院受理訴訟時應依當事人一造之請求，命當事人提交仲裁，但前述協定經法院認定無效、失效或不能實行者不在此限”。

其次，在仲裁裁決作出后，當事人在一定條件下可以就仲裁協議的有效性及仲裁庭的管轄權問題提出抗辯，請求裁決作出地法院撤銷已經作出的仲裁裁決，或者請求某特定國家的法院不予承認和執行已經作出的仲裁裁決。而被請求的國家的法院可依法進行司法復審，如果法院認為仲裁裁決系根據無效仲裁協議作出，仍然可以撤銷已經作出的仲裁裁決或拒絕承認與執行該裁決。

第三，對于仲裁程序開始后，仲裁進行過程中當事人提出的仲裁協議有效性異議，法院是否享有認定權呢?這實際上是管轄權/管轄權原則與法院干預仲裁的關系問題。前面已述及，管轄權/管轄權原則目前已在國際商事仲裁界得到了普遍的認可，因此在仲裁程序中如當事人對仲裁協議的有效性及仲裁管轄權提出異議，仲裁庭有權對此進行決定。但從各國的立法與實踐來看，這種決定并不具有終局的效力，一般都賦予法院以最終裁決權，即當事人如對仲裁庭就仲裁協議效力及仲裁管轄權所作的決定不服，仍有權向法院提起訴訟，由法院進行裁決，這是法院對仲裁進行監督和干預的體現。但是，關于法院具體在什么階段進行監督和干預，各國的作法并不一致。有的國家，對此沒有進行限制，仲裁庭對仲裁協議是否有效作出裁定后，當事人如不服可在仲裁程序進行中就請求法院作出決定，也即法院可在仲裁程序進行中隨時依當事人申請對仲裁庭的決定進行司法干預。英國即采用了這種做法。而有的國家卻認為，應盡量弱化法院對仲裁程序的干預，法院對仲裁的監督應在最終仲裁裁決作出后再進行，因此，對于仲裁庭所作出的關于仲裁協議效力的認定，法院只能等到仲裁裁決作出后才可進行審查。如《比利時司法法典》第1697條就規定，仲裁庭的裁定不得提交司法當局進行抗辯，除非在同一程序中對主要問題也同時作出了裁決。據此，即便仲裁庭在仲裁程序中對仲裁協議有效性問題作出了一個初步決定，當事人如不服也不得立即向法院起訴，而只能等到關于實質問題的仲裁裁決作出后才可提請法院進行認定。《國際商事仲裁示范法》在制訂過程中，關于法院何時干預仲裁庭作出的管轄權決定，起草者中間也出現了很大爭論。日示范法最終采取了折衷的做法。根據其第16條規定，仲裁庭可以對仲裁協議的存在或效力的任何異議作出裁定;仲裁庭可視案情將管轄權抗辯作為一個初步問題裁定或在終局裁決中裁定，如仲裁庭作為一個初步問題裁定它有管轄權，任何一方當事人均可在收到裁定通知后30日內要求管轄法院對這一問題作出決定，該決定不容上訴;如果仲裁庭在終局裁決時才裁定仲裁協議的效力，法院只能在裁決后進行監督。綜上不難看出，雖然在具體做法上仍有差異，但國際商事仲裁界普遍認同的是，在仲裁程序中，對于仲裁協議有效性問題，仲裁庭有第一發言權，但法院有最終決定性發言權。