(一)關于城市規劃區內的建筑物是否合法的認定問題

　(二)關于被劃入城市規劃區原集體土地上的建筑物是否合法的認定

　(三)關于城市規劃區域內土地性質的認定問題

　(四)關于規劃區內未征收土地上新蓋加蓋建筑物的合法性認定問題

　　(五)關于違法建筑應否補償的問題

此外，人民法院在審理有關拆遷或者征收補償案件時，還應注意以下問題：

　　(1)企事業單位在計劃經濟時期或者改革開放初期(即90年代初期以前)違法違章所建的房屋，事后分配給其職工居住。雖然這類房屋的合法性存在一定的問題，但當時所分配給職工的房屋時，是該職工應當享受的國家福利，房屋的合法性與職工個人應當享受的權利之間沒有法律上的關系，作為職工不應當承擔違法違章建筑的法律后果。因此，對此類情況應當給予職工適當的補償。

　　(2)行政機關征用農村集體土地之后，被征用土地上的原農村居民對房屋仍享有所有權，房屋所在地已被納入城市規劃區的，在《國有土地上房屋征收與補償條例》施行以前(即2011年1月21日以前)，可以參照《城市房屋拆遷管理條例》的補償方式和標準進行安置補償;在其施行之后，可以參照該條例的補償方式和標準進行安置補償。但是，需要注意的是，我國少數城市地方性法規規定征收集體土地上房屋的補償和安置標準高于國有土地上房屋的征收補償和安置標準。為了充分保護行政相對人的合法權益，有關補償和安置標準的問題，應當按照“就高不就低”的原則掌握。

　　[1]《城市規劃條例》第四十四條規定：“在城市規劃地區內國家所有的土地和征用集體所有的土地上，需要新建、擴建、改建任何建筑物、構筑物，敷設道路和管線的，都必須向城市規劃主管部門提出建設申請。國家法律另有規定的，按法律規定辦。”“申請進行建設的組織和個人，經城市規劃主管部門確定其建設位置，提出地面控制標高、建筑密度、建筑層數、建筑立面以及與環境協調等設計要求，并審查其有關設計文件和圖紙，發給建設許可證后方可施工。”第五十條規定：“城市規劃主管部門對本行政區域內違反本條例的組織和個人，可以分別給予以下行政處罰：

　　(一)對違反本條例規定侵占土地的，應當責令其退出違章占用的土地，或者吊銷其用地許可證并可給予警告或者罰款。

　　(二)對違反本條例規定進行建設的，責令停止違章建設行為，吊銷其建設許可證，或者責令其拆除違章的建筑物、構筑物，并可給予警告或者罰款。”

　　[2]《中華人民共和國城市規劃法》第三十二條規定：“在城市規劃區內新建、擴建和改建建筑物、構筑物、道路、管線和其他工程設施，必須持有關批準文件向城市規劃行政主管部門提出申請，由城市規劃行政主管部門根據城市規劃提出的規劃設計要求，核發建設工程規劃許可證件。建設單位或者個人在取得建設工程規劃許可證件和其他有關批準文件后，方可申請辦理開工手續。”第四十條規定：“在城市規劃區內，未取得建設工程規劃許可證件或者違反建設工程規劃許可證件的規定進行建設，嚴重影響城市規劃的，由縣級以上地方人民政府城市規劃行政主管部門責令停止建設，限期拆除或者沒收違法建筑物、構筑物或者其他設施;影響城市規劃，尚可采取改正措施的，由縣級以上地方人民政府城市規劃行政主管部門責令限期改正，并處罰款。”

　　[3] 《中華人民共和國城鄉規劃法》第四十條第一款規定：“在城市、鎮規劃區內進行建筑物、構筑物、道路、管線和其他工程建設的，建設單位或者個人應當向城市、縣人民政府城鄉規劃主管部門或者省、自治區、直轄市人民政府確定的鎮人民政府申請辦理建設工程規劃許可證。” 第六十四條規定：“未取得建設工程規劃許可證或者未按照建設工程規劃許可證的規定進行建設的，由縣級以上地方人民政府城鄉規劃主管部門責令停止建設;尚可采取改正措施消除對規劃實施的影響的，限期改正，處建設工程造價百分之五以上百分之十以下的罰款;無法采取改正措施消除影響的，限期拆除，不能拆除的，沒收實物或者違法收入，可以并處建設工程造價百分之十以下的罰款。”

　　[4] 《村鎮建房用地管理條例》第十四條規定：“農村社員，回鄉落戶的離休、退休、退職職工和軍人，回鄉定居的華僑，建房需要宅基地的，應向所在生產隊申請，經社員大會討論通過，生產大隊審核同意，報公社管理委員會批準;確實需要占用耕地、園地的，必須報經縣級人民政府批準。批準后，由批準機關發給宅基地使用證明。” 第十六條：“農村社隊企業、事業單位申請建設用地，經社員代表大會討論通過后，報縣級以上人民政府批準。省、地、縣三級的具體審批權限和土地補償的標準，由省級人民政府根據占用土地的質量、數量等具體情況作出規定。” 第十八條規定：“集鎮內非農業戶建房需要用地的，應提出申請，由管理集鎮的機構與有關生產隊協商，參照第十四條的規定辦理。”

　　[5] 《土地管理法》(2004年版)第四十四條規定：“建設占用土地，涉及農用地轉為建設用地的，應當辦理農用地轉用審批手續。”“省、自治區、直轄市人民政府批準的道路、管線工程和大型基礎設施建設項目、國務院批準的建設項目占用土地，涉及農用地轉為建設用地的，由國務院批準。”“在土地利用總體規劃確定的城市和村莊、集鎮建設用地規模范圍內，為實施該規劃而將農用地轉為建設用地的，按土地利用年度計劃分批次由原批準土地利用總體規劃的機關批準。在已批準的農用地轉用范圍內，具體建設項目用地可以由市、縣人民政府批準。”“本條第二款、第三款規定以外的建設項目占用土地，涉及農用地轉為建設用地的，由省、自治區、直轄市人民政府批準。”

　　[6]土地管理法實施條例第二條規定：“下列土地屬于全民所有即國家所有：

　　(一)城市市區的土地;

　　(二)農村和城市郊區中已經依法沒收、征收、征購為國有的土地;

　　(三)國家依法征用的土地;

　　(四)依法不屬于集體所有的林地、草地、荒地、灘涂及其他土地;

　　(五)農村集體經濟組織全部成員轉為城鎮居民的，原屬于其成員集體所有的土地;

　　(六)因國家組織移民、自然災害等原因，農民成建制地集體遷移后不再使用的原屬于遷移農民集體所有的土地。