第一，行政機關職責不清，對社會生活、公共事務的管理互有交叉，因此表現在對行政違法行為的管轄上也必然是互有交叉，權責不明確，無法按職能真正落實管轄。

第二，由于我國的行政處罰制度還不完備，由于行政違法活動的錯綜復雜、法律、法規之間規定也存在著競合問題，因而，在實施行政處罰過程中出現對一個行政違法活動幾個行政機關都有管轄權的情況也是客觀存在的。

第三，由于一個行政違法案件可能連續、持續或者牽連幾種行政違法行為，而這些違法行為可能涉及幾個地區、幾個部門的行政機關，這種共同管轄問題在行政處罰實踐中是不可避免的，如果各部門對誰實施管轄協商不成，也會出現管轄爭議問題。第四，還必須指出，在目前行政處罰實踐中，在對行政違法案件的管轄問題上，一些部門不是從國家的利益出發，而是受利益趨動，從本部門的利益出發，對自己有利的爭著管，對自己不利的無人管，因而加劇了行政機關對行政違法案件互相推諉或者互相爭奪管轄權的矛盾。

對于出現了管轄權爭議問題，各部門應當盡量本著從國家和人民的利益出發，互諒互讓，積極配合，相互支持，解決矛盾，使行政處罰工作得以有效地實施的態度，努力協商解決。必須指出，各行政機關在協商對行政違法案件的管轄權時，一定要符合法律、行政法規的規定，同時要以便于實施行政處罰，便于及時糾正行政違法行為，便于教育違法行為人為指導思想。當然，如果是因對一些法律、法規規定有不同的理解，或的確是體制上的問題無法確定應由誰來對該行政處罰案件實施管轄，應當及時報請共同的上一級機關指定管轄，以免延誤對行政違法案件的處理。