締約國主管當局之間進行協商的內容主要有兩個方面：

一是納稅人提出的不符合協定的征稅問題。

二是執行協定所發生的困難或疑義，需協商解決。

相互協商程序分兩個階段：

一是在納稅人居住國提交案情，某些情況下可在納稅人為其國民的締約國進行。

二是雙方主管當局直接互相聯系、進行協商，達成協議。當認為達成協議需要口頭交換意見時，可以通過締約國雙方主管當局指派代表組成的委員會進行。該程序賦予雙方主管當局不需經過外交途徑而直接對話協商的權利，有助于及早解決問題。

為執行上述相互協商程序，聯合國范本還建議，主管當局應協商確定適當的雙邊程序、條件、方法和技術，以促進上述雙邊行動和相互協商程序的執行。我國同其他國家簽訂的國際稅收協定中，都參照兩個范本的有關規范，制定了具體的有關協商程序條款。