差異一：構成要件不同

轉讓主體、轉讓標的和轉讓條件均不同。在土地轉讓中，轉讓的標的是實體資產，即土地使用權，轉讓的主體是土地使用權人，即公司法人或自然人，而不是股東。因此構成土地轉讓行為應具備兩個條件：一是土地使用權發生了轉移，即在原來合法使用基礎上的再次轉移;二是土地使用權轉移行為存在于兩個民事主體——土地使用權人之間，即轉讓方、受讓方必須在同一時點同時存在。

差異二：轉讓條件不同

以出讓土地使用權為例，《城市房地產管理法》第三十九條規定，以出讓方式取得土地使用權的，轉讓房地產時，應當符合下列條件：(一)按照出讓合同約定已經支付全部土地使用權出讓金，并取得土地使用權證書;(二)按照出讓合同約定進行投資開發，屬于房屋建設工程的，完成開發投資總額的百分之二十五以上，屬于成片開發土地的，形成工業用地或者其他建設用地條件。

差異三：登記部門不同

土地轉讓雙方當事人應依法申請辦理變更土地登記。有限責任公司股權發生轉讓的，無需辦理變更土地登記。如果認為股權發生轉讓就必須辦理變更土地登記，那么，只要上市公司的股權因股票的買進賣出而發生變動，國土資源主管部門就要根據千變萬化的股市來實時進行土地登記，這顯然是不可行的。

差異四：發生稅費不同

土地轉讓時，發生的稅費有營業稅、土地增值稅、所得稅、印花稅、契稅等。股權轉讓時，從稅收上看，現階段主要涉及企業所得稅或個人所得稅等。從表面來看，似乎股權轉讓的稅負明顯低于土地轉讓，可以規避土地增值稅等。

差異五：適用法律不同

股權轉讓與土地轉讓由不同的法律所調整。土地轉讓受《土地管理法》、《城市房地產管理法》、《物權法》、《土地管理法實施條例》等一系列與土地轉讓有關的法律法規所調整。這些法律、法規明確規定了土地轉讓的概念、轉讓方式及轉讓條件。而股權轉讓則適用《公司法》、《證券法》等一系列有關法規。