根據《反傾銷條例》的規定，我國負責反傾銷事務的機關主要有：對外貿易經濟合作部、國家經濟貿易委員會、海關總署、國務院關稅稅則委員會。在涉及農產品的反傾銷案件中，農業部也是負責反傾銷事務的機關之一。

(一)對外貿易經濟合作部

根據《反傾銷條例》的相關規定：外經貿部的主要職責為：

1、受理反傾銷調查申請并對申請是否由國內產業或者代表國內產業提出、申請書內容及所附具的證據等進行審查，經商國家經貿委后，決定立案調查或者不立案調查;

2、負責傾銷及傾銷幅度的調查和確定;根據調查結果就傾銷作出初裁決定和終裁決定;

3、對采取要求提供現金保證金、保函或者其他形式的擔保的臨時反傾銷措施作出決定;提出征收臨時反傾銷稅和最終反傾銷稅的建議。

外經貿部進出口公平貿易局是外經貿部具體負責反傾銷調查的部門，該局設有專門的處室處理反傾銷申訴事宜。

(二)國家經貿委

國家經貿委的主要職責為：

1、國家經貿委負責與外經貿部共同決定是否對反傾銷申請立案調查;

2、負責產業損害及損害程度的調查和確定，在涉及農產品的反傾銷國內產業損害調查時，由國家經貿委會同農業部進行。根據調查結果，就損害及損害程度作出初裁決定和終裁決定。

國家經濟貿易委員會設立了產業損害調查局，該局設有專門的處室處理反傾銷申訴事宜。具體案件的處理，由產業損害調查小組負責，最后的裁定有產業損害調查委員會作出，以國家經濟貿易委員會的名義發布。

(三)海關總署

海關總署是我國反傾銷措施的具體執行機關。負責執行臨時反傾銷措施和征收反傾銷稅以及退稅等事宜。

(四)國務院關稅稅則委員會

稅則委員會根據外經貿部的建議作出征收臨時反傾銷稅和最終反傾銷稅以及追溯征稅、退稅、保留、修改或者取消反傾銷稅等與“稅”有關的決定。