合作建房糾紛，涉案金額400萬

案情描述： 甲方：地主方，乙方：投資方 合作建房合同主要約定： 1.合作模式：2010年，甲方出400平方地與乙方共建，甲乙雙方按前后切割各獲一半土地使用權(quán)，乙方建一棟完整的6層樓給甲方。 2.乙方負責辦理雙方的獨立房產(chǎn)權(quán)，同時繳納40萬保證金，每推遲1年辦好，扣除保證金10萬，直到辦成。 現(xiàn)狀：在房屋建造過程中，政府批準5層半，但乙方已為甲方蓋樓6層，乙方自行蓋樓9層，目前正常使用。現(xiàn)因為涉及違建，批復的施工圖是前后合體一棟5層樓，實際建造為前后切割各成一棟獨立的樓，且樓層數(shù)超原批復5層辦，實際蓋房與批復的施工圖不一致，無法辦理獨立的房屋證書。請求下一步如何處理，最大化甲方利益。