1、劃清罪與非罪的界限問題。如果行為人沒有違反交通運輸管理法規，或者并未導致交通事故的發生，或者雖然發生了交通事故，但并未致人重傷、死亡或者使公私財產遭受損失的，不構成犯罪。

2、劃清交通肇事罪與破壞交通工具罪的界限問題。兩者侵犯的客體都是交通運輸的秩序和安全，但其主要區別在于：第一、客觀方面的表現不同。前者表現為違反交通管理法規而發生重大交通事故，致使人員傷亡或者使公私財產遭受重大損失的行為；而后者表現為實施破壞火車、汽車、電車、船只、航空器，足以使火車、汽車、電車、船只、航空器發生傾覆、毀壞危險，危害公共安全的行為。第二、主觀方面的內容不同。前者有過失構成；而后者是由故意構成。

3、關于判定交通肇事罪是否以交管部門出具的責任認定意見為依據的問題。在2000年11月21日最高人民法院《關于審理交通肇事刑事案件具體應用法律若干問題的解釋》中強調，分清事故責任是認定交通肇事罪的基礎。根據國務院于1991年9月22日發布的《道路交通事故處理辦法》第十八條的規定，交通事故責任分為全部責任、主要責任、同等責任和次要責任。從有關部門提供的的情況看，負事故次要責任的情形，由于其違章行為在交通事故中作用較小，損失后果不大，一般作行政處罰，不需追究刑事責任。對發生的重大交通事故承擔其他幾種責任的情形，則確有追究刑事責任的必要。在論證過程中，一種意見認為：由于缺乏統一的定責標準，在認定事故責任方面存在著隨意性較大、定責失衡等問題，建議在認定交通肇事罪問題上，可否不以交管部門出具的責任認定意見為依據。誠然，認定交通肇事罪的焦點問題集中在事故的認定和責任的分析上，比較特殊也很復雜。但是，如果不以此為前提，則無法判定交通肇事行為人與肇事后果間的因果關系，更無法確定其應當承擔的是行政責任還是刑事責任。有關事故責任認定方面的統一執法標準雖然仍需國家有關主管部門進一步規范，但在目前的條件下，還應堅持以交管部門認定的事故責任來認定交通肇事罪的前提條件。此外，“兩高”于1987年8月21日發布的《關于嚴格依法處理道路交通肇事案件的通知》中也有類似的表述，上述解釋延續了相關規定。

4、關于交通肇事罪中財產損失的認定問題。刑法第一百三十三條規定，發生重大交通事故，造成公私財產遭受重大損失的，依法追究刑事責任。對于“公私財產”是否包括肇事者個人財產問題，在有些情況下，就成為區分罪與非罪的界限。有的案件，肇事者造成的公共財產和他人財產損失數額不大，但自身遭受的財產損失慘重（如名貴車肇事與低檔車俱毀）。有的人認為，在這種情況下如果僅認定公共財產和他人的財產損失，數額不大的，則不構成交通肇事罪；如果將其自身財產一并計入損失數額，就可能符合定罪條件。因此，本著從嚴懲處這類犯罪的需要，應當將肇事人的個人財產損失一并計入損失數額。但是，交通肇事罪的危害在于對公共財產、他人人身及其財產造成的損失，其自身的財產損失應當視為肇事人為自己的違章行為承擔的經濟責任，而不應將其作為承擔刑事責任的條件。因此，上述解釋第二條中關于“造成公共財產或者他人財產直接損失”承擔刑事責任的規定，是符合立法本意的。

5、關于肇事后逃逸的問題。“交通肇事后逃逸”是1997年刑法關于交通肇事罪增加規定的的加重處罰的情節。實踐中，交通肇事后的逃逸行為具有較大的危害性，往往導致被害人無法得到救助、損失無法得到賠償、案件查處難度增大等等，必須依法予以嚴懲。解釋第三條規定：“‘交通運輸肇事后逃逸’是指行為人具有本解釋第二條第一款和第二款（一）至（五）項規定的情形之一，在發生交通事故后，為逃避法律追究而逃跑的行為?！边@一解釋首先，將認定交通肇事后逃逸的前提條件界定為“逃避法律追究”。實踐中，肇事人逃跑的目的大多是想逃避法律追究，但也有少數人逃跑的目的是怕受害方或者其他圍觀群眾對其進行毆打等等。同樣是逃跑，但這些人往往在逃離現場后，能夠通過報告單位領導或者報警等方式，接受法律的處理。因此，對逃跑行為作上述區分是必要的，以保證準確適用法律，不枉不縱。其次，所規定的“逃跑”，并沒有時間和場所的限定。在論證過程中，有的人認為，交通肇事后逃逸，應當理解為“逃離事故現場”的行為，實踐中大多也是這種情況。但是，據交管部門提供的情況，有的肇事人并未在肇事后立即逃離現場（有的是不可能逃跑），而且在將傷者送至交管部門處理時逃跑，類似的情形也有很多。如果僅將逃逸界定逃離現場，那么性質同樣惡劣的逃避法律追究的行為就得不到嚴懲，可能會影響對這類犯罪行為的懲處力度。因此，只要是在肇事后為逃避法律追究而逃跑的行為，都應視為“交通肇事后逃逸”。