一、農產品收購加工企業利用多開農產品收購發票獲得非法的收益。

1、增值稅進項稅額一般是以農產品收購發票金額的10%計算，多開收購發票或發票金額，就可以多計算增值稅進項稅額，以至達到少交或不交增值稅的目的。有加工出口權的企業，多開收購發票，不僅可以少交增值稅，還能多享受國家的出口退稅，事實上給國家造成了不小的稅收損失。

2、多開收購發票或發票金額可以增加企業的成本和費用，達到少計算利潤、少交所得稅的目的。因多開收購發票，必須沖銷這些多出來的材料成本，在計算結轉生產成本、產成品成本、銷售成本時必然造成成本核算上的虛增，結果利潤被人為地減少了。

3、因多開收購發票，必然造成企業現金的減少，這部份現金到哪里去了?自然是到了企業負責人或收購人的腰包里去了，看看：個人所得稅也不用交了。再用這些錢給職工發發福利，誰還會檢舉揭發自已的老板呢?

二、堵住稅收征管上的漏洞，減少國家稅收損失根據當前情況看，要想完全杜絕此類事情的發生，困難是比較大的，能夠采取的有效監管措施是有限的。

1、由農戶開票，農戶銷售自產農產品時，由企業或農戶到當地稅務機關申請，由當地稅務機關開票。以前部份地區也規定過這種做法，但效果不明顯。這樣做一方面增加了稅收成本，加大了稅務人員的核實責任，另一方面，難以保證稅務人員不會和收購企業串通一氣，也不能避免稅務人員故意和農戶、收購企業過不去，結果最終是農戶的利益受損，農業發展受到影響。這種做法事實上已經放棄了。

2、加強會計核算，加強存貨倉儲管理，收購要提供入庫單，發出要提供出庫單。但是，如果企業購貨、倉庫、生產、財務幾方聯手操作，通過票轉的方法，除非有內部人員揭發，一般可以避免檢查人員發現其中存在的問題。

3、通過對企業生產流程進行監控，或對比同行的利潤率、全國農產品價格，反計算出企業的購銷存情況，也可以大體測算出企業收購農產品的數量和金額。但這種做法要配備專門人才，無形中增加了稅收征收成本，而且農產品保質期較短，在使用中損耗較大，也無法精確計量出企業存貨的真實情況。

4、對農產品收購，目前可以采取的做法是加強企業信用管理和加大處罰力度。

企業應在農產品收購發票上注明農戶的姓名、身份證號碼、聯系地址、聯系方式。這幾項內容不全的發票不得入賬，不得計算抵扣增值稅。這種要求一是要求企業根據真實的業務進行會計核算，二是為稅務稽查提供便利，各地稅務部門可以通過相互協查的方式掌握企業的購銷狀況和信用程度。

同時，加大處罰力度。通過各地稅務部門的協查，發現企業有虛開收購發票行為的，一是收繳企業剩余的農產品收購發票，不再發放農產品收購發票，二是當年企業的收購發票均視為無效發票，不得計算進項稅額抵扣增值稅，在計算應納稅所得額時進行納稅調整。這樣在處理一兩家企業之后，讓所有企業都意識至虛開發票的嚴重后果。

在一些企業每年的年度審計報告中，注冊會計師一般都對農產品收購加工企業的存貨提出了保留意見，存貨稅收管理上的漏洞已經給國家造成了相當大的損失，正視這些問題，找到合理合法的措施已經成為當務之急。