由于電子合同具有不同于傳統(tǒng)合同的特征，所以企業(yè)在簽訂電子合同過程中顯現(xiàn)出與傳統(tǒng)合同簽訂的不同，也出現(xiàn)了新的需要解決的問題。

(一)與簽訂傳統(tǒng)合同相比，企業(yè)存在更大的風(fēng)險。首先，在訂立傳統(tǒng)合同時，各方當(dāng)事人一般通過面對面的談判或以其他諸如信件、電報、電傳、傳真等方式進行協(xié)商，并最終當(dāng)面簽訂合同。而在電子合同的談判、協(xié)商和簽訂時，各方當(dāng)事人可能互不謀面。交易雙方可以是任何人，當(dāng)事人的身份需要依靠認(rèn)證才能確定，而這種確定的過程具有風(fēng)險性。從這兩方面看，在簽署電子合同過程中，存在著比簽訂傳統(tǒng)合同更大的風(fēng)險。然而，電子合同以其迅速、快捷和便于管理的特點又極大地吸引著商務(wù)活動者去使用它。

(二)信用問題進一步凸顯。簽署電子合同的風(fēng)險不僅限于簽署一般合同所面臨的風(fēng)險，它對各方當(dāng)事人的信用度、文件傳輸?shù)陌踩裕约拔募诜缮系挠行蕴岢隽烁叩囊蟆Ｓ捎诋?dāng)事人各方在簽署電子合同時可能素未謀面，這就需要各方必須以更高的信用作為基礎(chǔ)去進行談判和簽署合同。而在簽署合同前，各方必須相互對對方的信用程度做出必要的評估，這就需要建立一種信用制度，以使各方在事前就能夠比較全面地了解對方。只有相互信任，才能使各方有達成一致意見的基礎(chǔ)，否則即使達成協(xié)議，在執(zhí)行過程中也會出現(xiàn)信用危機，甚至對簿公堂。可是，由于我國在建立信用制度方面還不夠完善，所以一些企業(yè)為了規(guī)避較大的信用風(fēng)險，如果使用電子合同，一般也僅限于那些交往多年深為熟知的客戶。企業(yè)這樣做，雖然加強了合同的安全性，但同時也限制了企業(yè)與其他更廣泛客戶的交流，甚至?xí)驗橄嗷ゲ恍湃味ネ卣故袌龅臋C會。

(三)合同傳輸過程需要更高的安全性。安全問題一直是電子商務(wù)活動的瓶頸，尤其是在文件傳輸過程中，文件內(nèi)容有可能被截取、修改，甚至丟失。所以，與傳統(tǒng)的互傳文書的形式相比，簽訂電子商務(wù)合同的安全性較差。面對面的交換意見、協(xié)商和簽訂文件總比通過虛擬網(wǎng)絡(luò)來得實在可靠。由于網(wǎng)絡(luò)的安全問題并未得到徹底的解決，大部分企業(yè)對采用電子合同持謹(jǐn)慎態(tài)度，這也限制了電子合同乃至總體電子商務(wù)的發(fā)展。