(1)市場風險

電子支付機構的各個資產項目因市場價格波動而蒙受損失的可能性，外匯匯率變動帶來的匯率風險即是市場風險的一種。此外，國際市場主要商品價格的變動及主要國際結算貨幣銀行國家的經濟狀況等因素也會間接引發市場波動，構成電子支付的市場風險。

(2)信用風險

交易方在到期日不完全履行其義務的風險。電子支付拓展金融服務業務的方式與傳統金融不同，其虛擬化服務業務形成了突破地理國界限制的無邊界金融服務特征，對金融交易的信用結構要求更高、更趨合理，金融機構可能會面臨更大的信用風險。以網上銀行為例，網上銀行通過遠程通信手段，借助信用確認程序對借款者的信用等級進行評估，這樣的評估有可能增加網上銀行的信用風險。因為借款人很可能不履行對電子貨幣的借貸應承擔的義務，或者由于借貸人網絡上運行的金融信用評估系統不健全造成信用評估失誤。此外，從電子貨幣發行者處購買電子貨幣并用于轉賣的國際銀行，也會由于發行者不兌現電子貨幣而承擔信用風險。有時，電子貨幣發行機構將出售電子貨幣所獲得的資金進行投資，如果被投資方不履行業務，就可能為發行人帶來信用風險。總之，只要同電子支付機構交易的另外一方不履行義務，都會給電子支付機構帶來信用風險。因信用保障體系的不健全，目前網上出現了種種交易問題，開玩笑的、惡性交易的，甚至于專門在網上進行詐騙的，都有發生的案例。市場經濟不能沒有信用，信用可以減少市場交易費用。只有交易雙方有足夠的信用度，交易才有可能完成，否則任何交易都需要面對面、以貨易貨地進行，缺乏信用最典型的交易案例便是物物交易。面對面交易或者物物交易不僅增加交易費用，而且將交易的規模限制在一個很小的范圍內。

社會信用體系的不健全是信用風險存在的根本原因，也是制約電子支付業務甚至電子商務發展的重要因素。

(3)流動性風險

當電子支付機構沒有足夠的資金滿足客戶兌現電子貨幣或結算需求時，就會面臨流動性風險。一般情況下，電子支付機構常常會因為流動性風險而惡性循環地陷入聲譽風險中，只要電子支付機構某一時刻無法以合理的成本迅速增加負債或變現資產，以獲得足夠的資金來償還債務，就存在流動性風險，這種風險主要發生在電子貨幣的發行人身上。發行人將出售電子貨幣的資金進行投資，當客戶要求贖回電子貨幣的時候，投資的資產可能無法迅速變現，或者會造成重大損失，從而使發行人遭受流動性風險，同時引發聲譽風險。流動性風險與聲譽風險往往聯在一起，成為相互關聯的風險共同體。電子貨幣的流動性風險同電子貨幣的發行規模和余額有關，發行規模越大，用于結算的余額越大，發行者不能等值贖回其發行的電子貨幣或缺乏足夠的清算資金等流動性問題就越嚴重。

由于電子貨幣的流動性強，電子支付機構面臨比傳統金融機構更大的流動性風險。

(4)聲譽風險

與傳統風險比較，電子支付機構面臨的聲譽風險顯得更為嚴重。以網上銀行為例，傳統業務中，最常見的聲譽風險表現為一家銀行出了財務問題以后，導致大量的儲戶擠兌。網上銀行產生聲譽風險的原因與傳統業務有時候一樣，有時候也不一樣。不一樣的是，網上銀行可能由于技術設備的故障、由于系統的缺陷，導致客戶失去對該銀行的信心。重大的安全事故等會引起電子支付機構產生聲譽風險。如新聞媒體報道某家銀行被黑客人侵，盡管可能沒有造成任何損失，但是客戶會立刻對該銀行的安全性能產生懷疑。網上銀行的業務處在發展初期，客戶對安全存在潛在的不信任，聲譽風險的出現對網上銀行業務的影響尤其大。

(5)結算風險

清算系統的國際化，大大提高了國際結算風險。基于電子化支付清算系統的各類金融交易，發達國家國內每日匯劃的日處理件數可以達到幾百甚至上千萬件。