1、合法性審查原則

行政合同的合法性審查和單方行政行為的合法性審查具有共同特點，即對具體行政行為是否合法作出評價，包括行為的主體、內容和程序是否合法。但行政合同又具有合同的一般特點，如訂立合同的主體資格、合同的內容和形式是否有效、合同雙方當事人變更和解除合同是否合法、違約責任的承擔等。由于實踐中大量的行政合同糾紛都是因行政主體違法或不當行使特權而引起的。行政特權一方面使行政合同按照既定的目標順利有效地進行，為國家實現行政管理所必須；另一方面由于行政主體違法或不當行使特權給相對方造成損失，使合同對方當事人的權利無法實現，違背了法治行政和行政合同的宗旨，故而對行政合同行為的合法性審查重心應放在行政主體簽訂和履行合同的行政特權是否合法與適當、相對人的權利是否真正得到實現上。

2、過錯責任原則

行政合同中的過錯責任和民事經濟合同中的過錯責任是相同的，體現了合同責任的共性，即誰有過錯，誰承擔責任。行政主體因在合同的訂立和履行中有過錯而給相對方造成損失，應按實際損失大小進行賠償。如果行政主體不履行或不完全履行合同而又無合法理由，則行政主體應承擔違約責任。如果合同相對方有過錯，則可能承擔金錢制裁(包括違約金和賠償金)、強制手段、解除合同等形式的制裁。

3、經濟利益平衡原則

這一原則是對與行政主體簽訂合同的對方當事人來說的。這一原則既維持了合同雙方當事人法律地位的平衡，同時又維護了雙方的經濟利益，使行政主體的特權和相對人的權利在實現國家行政管理目的的宗旨下相輔相成，體現了行政合同的功能與目的，實現了國家或公共利益與私人利益的平衡，也適應了行政訴訟司法審查的需要。

4、調解原則

我國行政訴訟法第五十條規定，人民法院審理行政案件，不適用調解。依法行政原則并非像自然科學那樣客觀準確，而是存有較大的自由裁量空間。在許多情況下，在法律的范圍內，行政主體仍有較大的自由判斷余地和裁量空間，因此，人民法院審理行政合同案件時，應在合法、自愿的原則上進行調解。