記賬式國債通過債券托管系統記錄債權，投資者購買記賬式國債必須開設賬戶;購買憑證式國債則不需開設賬戶，由發售銀行向投資者出示憑證式國債收款單作為債權記錄的證明。

2、票面利率確定機制不同

記賬式國債的票面利率是由國債承購包銷團成員投標確定的;憑證式國債的利率是財政部和中國人民銀行，參照同期銀行存款利率及市場供求情況等因素確定的。

3、流通或變現方式不同

記賬式國債可以上市流通;憑證式國債不可以上市流通，但可以提前兌取。

4、到期前賣出收益預知程度不同

記賬式國債二級市場交易價格是由市場決定的，買賣價格(凈價)有可能高于或低于發行面值。當賣出價格高于買入價格時，表明賣出者不僅獲得了持有期間的國債利息，同時還獲得了部分價差收益，當賣出價格低于買入價格時，表明賣出者雖然獲得了持有期間的國債利息，但同時也付出了部分價差損失。因此，投資者購買記賬式國債于到期前賣出，其收益是不能提前預知的。而憑證式國債在發行時就將持有不同時間提前兌取的分檔利率做了規定，投資者提前兌取憑證式國債，按其實際持有時間及相應的利率檔次計付利息。也就是說，投資者提前兌取憑證式國債所能獲得的收益是提前預知的，不會隨市場利率的變動而變動。