我想請問：公司以合作關系于一公司簽訂合作協議，運營某項產品，

我想請問：公司以合作關系于一公司簽訂合作協議，運營某項產品，但這個公司只有兩個人，合作后，因為他們無力負擔房租，招人發不起工資，于是到我們公司場地辦公，招聘人員也與我公司簽訂勞動合同，（與二人依然是公司與公司合作關系），但是因為存在于項目中，他的考勤，和團隊考勤的審批，還有工作流程的審批，都在我們公司系統中，也就是他們兩在我們公司企業微信系統內，但是沒有勞動關系，我想請問，如果和他們結束合作，會不會因為留下的考勤等信息，而產生勞動糾紛？