正由于《企業破產法》在清償順序的規定方面有諸多創新和突破,尤其是在有擔保物擔保之債權與職工債權關系問題上的變化,而具體規定又有較強的原則性,使得有關規定存在諸多缺憾,具體表現在以下幾方面:

有擔保物作擔保的債權在破產程序中分配清償時,其受償是否優于破產費用、共益債務不夠明確。盡管《企業破產法》對于破產費用和共益債務的優先受償性給予了高度的肯定,但是并沒有就擔保物的受償上是否優于該擔保物擔保之債權。實際上,《企業破產法》有關破產費用和共益債務的清償問題上,含糊地針對破產財產而言,沒有排除已經設定擔保之物。《企業破產法》第四十三條規定:“破產費用和共益債務由債務人財產隨時清償。”“債務人財產不足以清償所有破產費用和共益債務的,先行清償破產費用。”“債務人財產不足以清償所有破產費用或者共益債務的,按照比例清償。”“債務人財產不足以清償破產費用的,管理人應當提請人民法院終結破產程序。人民法院應當自收到請求之日起十五日內裁定終結破產程序,并予以公告。”由前述條文可知,受償的破產財產既可能是設定擔保之財產,也可能是未設定擔保之財產。但是《破產法(試行)》以區分擔保物和非擔保物來界定破產財產,使得已經設定擔保的財產排除在破產財產之外,因此這些財產也無需承擔破產費用和共益債務的支付。鑒于《企業破產法》未區分兩種財產何者優先用于清償破產費用、共益債務,則可能在實踐中導致有擔保物擔保之債權的利益受到侵蝕。因為如果先用非擔保物清償,則有利于被擔保的債權人利益;反之,則可能損害有擔保物擔保的債權人利益。