從股票交易實踐可以看出，證券交易所有助于保證股票市場運行的連續性，實現資金的有效配置，形成合理的價格，減少證券投資的風險，聯結市場的長期與短期利率。但是，證券交易所也可能產生下列消極作用：

1.擾亂金融價格。由于證券交易所中很大一部分交易僅是轉賣和買回，因此，在證券交易所中，證券買賣周轉量很大，但是，實際交割并不大。而且，由于這類交易其實并非代表真實金融資產的買賣，其供求形式在很大程度上不能反映實際情況，有可能在一定程度上擾亂金融價格。

2.易受虛假消息影響。證券交易所對各類消息都特別敏感。因此，只要有人故意傳播不實消息，或者謊報企業財務狀況，或者散布虛有的政治動向，等等。都可能造成交易所價格變動劇烈，部分投機者就會蒙受重大損失，而另一些人則可能大獲其利。

3.從事不正當交易。從事不正當交易主要包括從事相配交易、虛拋交易和搭伙交易。相配交易是指交易者通過多種途徑，分別委托兩個經紀人，按其限定價格由一方買進、一方賣出同種數量的證券，以抬高或壓低該證券的正常價格。虛拋交易是指交易者故意以高價將證券拋出，同時預囑另一經紀人進行收購，并約定一切損失仍歸賣者負擔，結果是可能造成該證券的虛假繁榮。搭伙交易是指由兩人以上結伙以操縱價格，一旦目的達成后，搭伙者即告解散，包括交易搭伙(搭伙者或者在公開市場暗中買進其所感興趣的證券以免這些證券的價格抬高，或者通過散步對公司不利的消息壓低其欲購進的股票價格)和期權搭伙(投資者按有利的價格購買證券，這通常是通過打通公司董事會而獲得，一般是從獲利中的一部分私下返回給董事)。

4.內幕人士操縱股市。由于各公司的管理大權均掌握在大股東手中，所以這些人有可能通過散布公司的盈利、發放紅利及擴展計劃、收購、合并等消息操縱公司股票的價格;或者直接利用內幕消息牟利，如在公司宣布有利于公司股票價格上升的消息之前先暗中買入，等宣布時高價拋出;若公司將宣布不利消息，則在宣布之前暗中拋出，宣布之后再以低價買入。

5.股票經紀商和交易所工作人員作弊。在證券交易所進行交易時，股票經紀商的作弊行為可能有倒騰(即代客戶一會兒買入一會兒賣出，或故意緊張地勸說客戶趕快買入或賣出，以便其從每筆交易中都可獲傭金)、侵占交易傭金、虛報市價、擅自進行買賣從而以客戶的資金為自己謀利、或者虛報客戶違約情況從而賺取交易賠償金。交易所工作人員的作弊方式可能有：自身在暗中非法進行股票買賣、同時股票經紀商串通作弊或同股票經紀商秘密地共同從事股票交易。