如果當事人在舉證期限后提交的證據是新的證據，則法院采用該證據并據其做出判決的行為是合法的。
如果該證據不是新的證據，當事人超過舉證期限舉證法院仍采納則是不合法的。

　　根據《民事訴訟法》及相關司法解釋的規定，當事人應當在舉證期限內向法院提交證據材料，當事人在舉證期限內不提交的，視為放棄據證權利。
對于當事人逾期提交的證據材料，法院審理時不組織質證。
但對方當事人同意質證的除外。
但同時《民事訴訟法》中又規定，當事人在法庭上可以提出新的證據。
所謂新的證據，是指以下情形：
　　一、一審程序中的新證據包括：當事人在一審舉證期限屆滿后新發現的證據；當事人確因客觀原因無法在舉證期限內提供，經法院準許，在延長的期限內仍無法提供的證據。

　　二、二審程序中的新的證據包括：一審庭審結束后新發現得證據；當事人在一審舉證期限屆滿前申請法院調查取證未獲準許，二審法院經審查認為應當準許并依當事人申請調取的證據。

　　因此，法院的行為是否合法應根據當事人在舉證期限屆滿后提出的證據是否符合新的證據的規定而確定。

　　相關法律依據可參照最高人民法院關于民事訴訟證據的若干規定：
　　第三十三條 人民法院應當在送達案件受理通知書和應訴通知書的同時向當事人送達舉證通知書。
舉證通知書應當載明舉證責任的分配原則與要求、可以向人民法院申請調查取證的情形、人民法院根據案件情況指定的舉證期限以及逾期提供證據的法律后果。
舉證期限可以由當事人協商一致，并經人民法院認可。
由人民法院指定舉證期限的，指定的期限不得少于三十日，自當事人收到案件受理通知書和應訴通知書的次日起計算。

　　第三十四條 當事人應當在舉證期限內向人民法院提交證據材料，當事人在舉證期限內不提交的，視為放棄舉證權利。
對于當事人逾期提交的證據材料，人民法院審理時不組織質證。
但對方當事人同意質證的除外。
當事人增加、變更訴訟請求或者提起反訴的，應當在舉證期限屆滿前提出。

　　第三十六條 當事人在舉證期限內提交證據材料確有困難的，應當在舉證期限內向人民法院申請延期舉證，經人民法院準許，可以適當延長舉證期限。
當事人在延長的舉證期限內提交證據材料仍有困難的，可以再次提出延期申請，是否準許由人民法院決定。

　　第三十八條 交換證據的時間可以由當事人協商一致并經人民法院認可，也可以由人民法院指定。
人民法院組織當事人交換證據的，交換證據之日舉證期限屆滿。
當事人申請延期舉證經人民法院準許的，證據交換日相應順延。

　　第四十一條 《民事訴訟法》第一百二十五條第一款規定的新的證據，是指以下情形： （一）一審程序中的新的證據包括：當事人在一審舉證期限屆滿后新發現的證據；當事人確因客觀原因無法在舉證期限內提供，經人民法院準許，在延長的期限內仍無法提供的證據； （二）二審程序中的新的證據包括：一審庭審結束后新發現的證據；當事人在一審舉證期限屆滿前申請人民法院調查取證未獲準許，二審法院經審查認為應當準許并依當事人申請調取的證據。

你所引用的條款是于2012年8月31日進行了第二次修正的《中華人民共和國民事訴訟法》第十六五條第二款的規定，全文為第六十五條：“ 當事人對自己提出的主張應當及時提供證據。
人民法院根據當事人的主張和案件審理情況，確定當事人應當提供的證據及其期限。
當事人在該期限內提供證據確有困難的，可以向人民法院申請延長期限，人民法院根據當事人的申請適當延長。
當事人逾期提供證據的，人民法院應當責令其說明理由；拒不說明理由或者理由不成立的，人民法院根據不同情形可以不予采納該證據，或者采納該證據但予以訓誡、罰款。
”
該條的意思為當事人對自己提出的主張應及時提供證據，逾期提供證據的，要向法院說明逾期提供的理由，如理由成立，人民法院應予采納。

其立意在于約束當事人及時提供證據，確有理由不能提供的，可以逾期提供證據，有利于司法審判工作的順利進行，避免司法資源的浪費。

當事人超過舉證期限提供證據的，法院將責令當事人說明理由，必要時可以要求當事人提供相應的證據。
如果當事人由于客觀原因逾期提供證據，或者對方當事人對逾期提供證據未提出異議的，視為未逾期；如果是由于當事人故意或者重大過失逾期提供的證據，法院將不予采納。
但該證據與案件基本事實有關的，法院應當采納，并依照民事訴訟法的相關規定對當事人予以訓誡、罰款。
如果不是由于故意或者重大過失逾期提供的證據，法院應當采納，并對當事人予以訓誡。
因此建議當事人在舉證期限內提供證據確有困難的，應當在舉證期限屆滿前向法院提出書面申請，要求申請延長舉證期限，人民法院會根據當事人的申請適當延長。
法條提示：《中華人民共和國民事訴訟法》第六十五條第二款《最高人民法院關于適用的解釋》第一百條第一款、第一百零一條、第一百零二條第一、二款。

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