商標實質審查，商標注冊主管機關對商標注冊申請是否合乎商標法的規定所進行的檢查.資料檢索.分析對比.調查研究并決定給予初步審定或駁回申請等一系列活動。

審查內容：

拒絕商標注冊的絕對理由的審查，即審查申請的商標是否違反禁用條款、是否具有顯著特征;

拒絕商標注冊的相對理由的審查，即審查申請的商標與在先權利是否的沖突，故也稱新穎性審查。

是指行政機關不僅要對申請材料的要件是否具備進行審查，還要對申請材料的實質內容是否符合條件進行審查。對于申請的實質審查，有的可以采取書面審查的方式，即通過申請材料的陳述了解有關情況，進行審查，但有的實質審查還需要進行實地核查，才能確認真實情況。例如，食品衛生法規定，食品衛生監督機構對食品生產經營企業和食品攤販的申請材料進行初審后，應在規定的期限內委派食品衛生監督員深入現場進行衛生審查，對不符合衛生要求的環節，提出意見，給予指導，待改正后再進行審查，直至符合國家規定的衛生要求。又如，液化氣體鐵路罐車(罐體)運輸許可證發證規則第七條規定：“在對液化氣體鐵路罐車辦理審查發證或復審過程中，必要時可實地核查液化氣體鐵路罐車?！睂τ谛枰扇嵉睾瞬榈?，行政機關應當指派兩名以上工作人員進行核查。行政機關工作人員在進行實地核查時，應當向當事人或其他有關人員出示執法身份證件，以表明自己正代表國家執行公務，否則當事人可以拒絕接受核查。例如，無公害農產品認證程序第九條規定：“申請材料符合要求的，但需要對產地進行現場檢查的，中心應當在10個工作日內作出現場檢查計劃并組織有資質的檢查員組成檢查組，同時通知申請人并請申請人予以確認。檢查組在檢查計劃規定的時間內完成現場檢查工作。”要求行政機關派兩名以上工作人員進行核查，主要是為了保證核查工作的公正性。

對于情況復雜的或者重大的行政許可，行政機關應當采取極為慎重的態度，行政機關的負責人應當集體討論決定。情況復雜的或者重大的行政許可，一般是指涉及公共利益或者利害關系人的重大利益，對于這類行政許可，除適用一般審查程序，給申請人或利害關系人以陳述和申辯的機會，對符合聽證條件的，應當按照聽證程序舉行聽證。在作出行政許可決定前，行政機關的負責人應當集體討論，對于審查過程中的情況進行深入分析、研究，再作出行政許可決定，從行政程序上最大限度地保障公民和組織的合法權益。

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