公益信托與財團法人基金會都是以行善、公益為目的，但是公益信托具有成立門坎低、營運靈活等特點，可算是平民化的基金會，民眾若想做善事，透過公益信托可以更簡單。

當捐款人把錢捐到公益信托內，該筆財產就跟捐款人的財產以及受托銀行的資產隔離，受到信托法的保護，具備財產獨立性，這點也是基金會架構所無法達到的。

基金會是國內最為熟悉的做好事管道，過去讓人詬病的是部分基金會淪為有錢人以為善之名，行逃漏稅之實;另外，在低利率的環境下，基金會也面臨了許多困境，因為基金會依法僅能運用孳息，目前利率仍不高，光靠孳息行善的范圍有限。

公益信托則是國內新興的行善架構，公益信托是指，以慈善、文化、學術、技藝、宗教、祭祀或其它公共利益為目的，由個人或團體捐贈設立之信托關系。

公益信托最大的特點是可以將捐款用到一毛不剩，不像基金會要受限于不可動用本金，而且成立規模有下限，依不同性質，最少要200萬元至3,000萬元。

透過信托架構，則是不管多少錢都可以成立公益信托，像是國內第一個公益信托只有10萬元，除了中央機關統管性質的公益信托，因為具有全國性，因此成立金額最少要3,000萬元之外，其余都沒有限制。

而且公益信托不需配置相當營運人力、辦公處或設備，建華銀行就指出，可以進一步節約經費。

公益信托與基金會的公益功能幾乎都相同，建華銀行表示，公益信托甚至更便利及透明，可惜社會大眾對于公益信托不熟悉，而不少銀行信托部也因為公益信托不是「好賺」的業務，而不主動推廣，這也是國內公益信托案不多的主因。