在刑事訴訟中，公安機關在偵查階段通過偵查手段查明有關案件事實，是公安機關正常行使偵查權的行為，獲得的證據將作為指控犯罪嫌疑人構成犯罪、構成何種犯罪以及應付何種行使責任的基礎。

但是，有一部分案件，由于性質特殊，有關的證人等由于自己做證協助公安機關指控犯罪，可能會使自己和家人受到人身安全的威脅。在這些案件中，公安機關就要對證人等采取必要的保護措施。 根據《中華人民共和國刑事訴訟法》和《公安機關辦理刑事案件程序規定》的有關規定，需要公安機關對證人等采取保護措施的特殊案件主要有以下4種：

1、危害國家安全犯罪； 這一類案件，對國家有害，對證人的威脅巨大。

2、恐怖活動犯罪； 恐怖活動本身就有極大的危害性。 3、黑社會性質的組織犯罪； 黑社會性質的犯罪，對證人的報復是一個明顯的特點。

4、毒品犯罪。 每年犧牲在緝毒斗爭中的警察都數量不少。 公安機關依法采取保護措施，可以要求有關單位和個人配合。 案件移送審查起訴時，應當將采取保護措施的相關情況一并移交人民檢察院。

偵查階段公安機關獲得證據，是指控犯罪的必要程序，在對危害國家安全、恐怖活動、黑社會性質、毒品犯罪這些危害性極大的犯罪行為偵查的過程中，由于犯罪性質惡劣，有可能對證人及其家屬造成人身安全的危險，公安機關應對這幾類案件的證人進行應有的保護，才能鼓勵證人協助公安機關指控犯罪。